Dane ogólne
| Zakłady naukowe
| Nagrody i wyróżnienia
| Centra doskonałosci
| Krajowe centra, rejestry, bazy danych
| Programy profilaktyczne
| Akredytacje
| GMP
| GLP
| Ludzie
| Narodowa Strategia Spójności
| Historia
| Patron
| Jubileusz 60-lecia IMP
| Fundacja 4-COT
| Narodowe Centrum Nauki
|
|
|
|
|
|
| Zakład Genetyki Molekularnej i Epigenetyki
|
|
|
|
|
|
|
|
ZAKŁAD GENETYKI MOLEKULARNEJ I EPIGENETYKI
Kierownik: dr hab. Edyta Reszka, prof. IMP
tel.: 42 631 46 27
e-mail: edyta.reszka@imp.lodz.pl
https://pl-pl.facebook.com/Lab-of-Molecular-Genetics-and-Epigenetics-750474065086105/
Zagadnienia badawcze:
Główne zadania Pracowni dotyczą badania markerów genetycznych i epigenetycznych z uwzględnieniem oddziaływań typu gen-gen, gen-środowisko lub gen-dieta do określenia ryzyka zachorowania jak i diagnostyki, prognozowania czy też leczenia chorób cywilizacyjnych. Do badania biomarkerów molekularnych wykorzystujemy łatwo dostępny materiał biologiczny (krew obwodowa, ślina, mocz itd.) oraz stosujemy nowoczesne narzędzia i techniki badawcze.
Szczegółowe zagadnienia badawcze obejmują:
- ocenę predyspozycji genetycznych do zachorowania na nowotwory w badaniach asocjacyjnych i prospektywnych,
- ocenę konstytutywnej ekspresji genów w leukocytach krwi obwodowej,
- ocenę epigenetycznej regulacji procesu niegenotoksycznej kancerogenezy z zastosowaniem jakościowej i ilościowej oceny metylacji DNA, analizy microRNA, ekspresji genów, genotypowania, analizy mutacji,
- ocenę epigenetycznej kontroli ekspresji genów, m.in. kodujących selenobiałka, związanych z metabolizmem ksenobiotyków, obroną antyoksydacyjną, czy rytmem okołodobowym, zaangażowanych w kontrolę cyklu komórkowego, apoptozę oraz naprawę DNA u osób zdrowych i osób z rakiem,
- ocenę wpływu diety i czynników środowiskowych na proces ekspresji mRNA oraz metylacji DNA.
Zespół posiada wieloletnie doświadczenie w prowadzeniu badań finansowanych m. in. przez UE, MNiSW, norweski mechanizm EOG, z których ogromna część dotyczy analizy biomarkerów genetycznych i epigenetycznych w etiologii nowotworów. Badania z wykorzystaniem specjalistycznej aparatury z zakresu biologii molekularnej prowadzone są również w ramach Europejskiego Instytutu Badań nad Rakiem Środowiskowym – EIEC, znajdującego się na Polskiej Mapie Drogowej Infrastruktury Badawczej.
Zespół współpracuje z Zakładem Toksykologii i Kancerogenezy IMP, Zakładem Monitoringu Biologicznego i Środowiska IMP, Zakładem Epidemiologii Środowiskowej IMP, I Kliniką Urologii Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego im. Wojskowej Akademii Medycznej – Centralny Szpital Weteranów w Łodzi, Kliniką Pediatrii, Onkologii, Hematologii i Diabetologii Uniwersytetu Medyczny w Łodzi, Zakładem Medycyny Translacyjnej Uniwersytetu Medycznego w Łodzi, Zakładem Medycznej Diagnostyki Laboratoryjnej Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, Katedrą Biofizyki Skażeń Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego, Uniwersytetem Modeny i Reggio-Emilia we Włoszech, Instytutem Onkologii w Mediolanie, Narodowym Instytutem Zdrowia Publicznego w Oslo.
Projekty badawcze:
2012/05/B/NZ5/01406. Ekspresja selenobiałek i genów regulowanych przez czynnik transkrypcyjny NRF2 w etiologii i przebiegu raka pęcherza moczowego.
2014/15/N/NZ5/01671. Ocena profilu metylacji regionów promotorowych i ekspresji genów zegarowych w raku piersi.
PNRF/EOG 89/2013. CLOCKSHIFT. Breast Cancer Risk and Epigenetic Effects of the Rotating Night Shift Work and Lifestyle (Ryzyko raka piersi a epigenetyczne efekty pracy zmianowej nocnej oraz stylu życia.)
2012/07/B/NZ7/04257.Wpływ zróżnicowanej ekspozycji na arsen (III) oraz kadm na aktywację szlaku Nrf2-Keap1-głównego systemu adaptacyjnego reagowania w celu ochrony przed czynnikami toksycznymi.
2013/09/B/NZ7/04092. Oddziaływanie zróżnicowanej ekspozycji na dymy spawalnicze stali nierdzewnych na ekspresję czynników transkrypcyjnych NF-kB i AP-1 i wybrane biomarkery narażenia i skutków.
2013/11/B/NZ7/04934. Wpływ zróżnicowanej ekspozycji na rtęć na parametry statusu selenowego w kontekście interakcji rtęć – selen jako potencjalnego mechanizmu detoksykacyjnego.
PBS3/B7/26/2015, ID: 246379. Test genetyczny wysokiego ryzyka raków oparty o ocenę we krwi/surowicy stężeń wybranych metali – Cd, Ni, Cr, Pb, Hg, oraz genów enzymów je metabolizujących.
Publikacje:
1. Jablonska E, Gromadzinska J, Peplonska B, Fendler W, Reszka E, Krol MB, Wieczorek E, Bukowska A, Gresner P, Galicki M, Quispe Z, Morawiec Z, Wasowicz W. Lipid peroxidation and glutathione peroxidase activity relationship in breast cancer depends on functional polymorphism of GPX1. BMC Cancer. 15:657, 2015.
2. Wieczorek E, Jablonowski Z, Tomasik B, Konecki T, Jablonska E, Gromadzinska J, Fendler W, Sosnowski M, Wasowicz W, Reszka E. MMP, VEGF and TIMP as prognostic factors in recurring bladder cancer. Clin Biochem. 48:1235-40, 2015.
3. Reszka E, Wieczorek E, Jablonska E, Janasik B, Fendler W, Wasowicz W. Association between plasma selenium level and NRF2 target genes expression in humans. J Trace Elem Med Biol. 30:102-6, 2015.
4. Janasik B, Reszka E, Stanislawska M, Wieczorek E, Fendler W, Wasowicz W. Biological monitoring and the influence of genetic polymorphism of As3MT and GSTs on distribution of urinary arsenic species in occupational exposure workers. Int Arch Occup Environ Health. 88:807-18, 2015.
5. Wieczorek E, Jablonska E, Wasowicz W, Reszka E. Matrix metalloproteinases and genetic mouse models in cancer research: a mini-review. Tumor Biol. 36:163-75, 2015.
6. Jablonska E, Vinceti M. Selenium and Human Health: Witnessing a Copernican Revolution? J Environ Sci Health C Environ Carcinog Ecotoxicol Rev. 33:328-68, 2015.
7. Wieczorek E, Galicki M, Tomasik B, Krol M, Jablonska E, Fendler W, Gromadzinska J, Morawiec Z, Wasowicz W, Reszka E. Expression of MMP and TIMP mRNA in peripheral blood leukocytes of patients with invasive ductal carcinoma of the breast. Int J Biol Markers. 31:e309-16, 2016.
8. E. Reszka, M. Przybek. Circadian genes in breast cancer. Advances in Clinical Chemistry 75:53-70, 2016.
9. Ewa Jablonska, Edyta Reszka, Jolanta Gromadzinska, Edyta Wieczorek, Magdalena B. Krol, Sara Raimondi, Katarzyna Socha, Maria H. Borawska, Wojciech Wasowicz. The Effect of Selenium Supplementation on Glucose Homeostasis and the Expression of Genes Related to Glucose Metabolism. Nutrients 8:772, 2016.
10. Jablonska E, Raimondi S, Gromadzinska J, Reszka E, Wieczorek E, Krol MB, Smok-Pieniazek A, Nocun M, Stepnik M, Socha K, Borawska MH, Wasowicz W. DNA damage and oxidative stress response to selenium yeast in the non-smoking individuals: a short-term supplementation trial with respect to GPX1 and SEPP1 polymorphism. Eur J Nutr. 55:2469-84, 2016.
11. Jurewicz J, Radwan M, Sobala W, Gromadzińska J, Jabłońska E, Radwan P, Jakubowski L, Wąsowicz W, Hanke W. Dietary Patterns and the Frequency of Disomy in Human Sperm. Urology. 93:86-91, 2016.
Aparatura specjalistyczna:
- Termocyklery klasyczne (Bio-Rad) oraz termocyklery do PCR w czasie rzeczywistym CFX96 (Bio-Rad) LightCycler®96 (Roche) służące do analizy polimorfizmu genetycznego, metylacji i ekspresji genów.
- Średnio- i wysokoprzepustowy system do PCR w czasie rzeczywistym QuantStudioTM 12K Flex (Life Technologies) służący do analizy ekspresji genów, polimorfizmu genetycznego, microRNA, analizy mutacji genowych i detekcji patogenów.
- Pirosekwenator PyroMark TMQ96 ID (Qiagen) służący do analizy metylacji, polimorfizmu genetycznego i mutacji genowych.
- Automatyczny izolator kwasów nukleinowych z płynów ustrojowych, krwi, tkanek, osocza/surowicy chemagic Prepito®-D (PekinElmer)
- JANUS® Automated Workstation (Perkin Elmer)
- System do biobankowania: sample storage and tracking system with 2D barcode single tube and rack readers (Fluidx)
- Czytnik: VICTOR™ X3 Multilabel Plate Reader (Perkin Elmer)
Stosowane techniki i metody:
- zabezpieczanie i przygotowanie tkanek (homogenizacja) do izolacji,
- izolacja kwasów nukleinowych z materiału biologicznego (tkanki ludzkie i zwierzęce, kultury komórkowe),
- elektoforeza w żelu agarozowym (standardowa i szybka),
- modyfikacja DNA z wodorosiarczynem sodu,
- PCR, RFLP-PCR, RT-PCR (synteza cDNA),
- qRT-PCR (SYBR Green, TaqMan),
- dyskryminacja alleli (SYBR Green, TaqMan, HRM)
- MSP, qMSP (SYBR Green, MethyLight),
- microRNA (TaqMan),
- pirosekwencjonowanie,
- długość telomerów (TL),
- liczba kopii mitochondrialnego DNA (mtDNAcn),
- analiza spektrofotometryczna i ELISA na płytkach titracyjnych,
- projektowanie starterów i sond hybrydyzacyjnych do badania ekspresji genów, polimorfizmu genetycznego, metylacji DNA, analiza restrykcyjna,
- analiza ekspresji genów z wykorzystaniem różnych technik obliczeniowych, m.in. metoda Livak’a, Pfafll’a.
ZAKŁAD GENETYKI MOLEKULARNEJ I EPIGENETYKI
Kierownik: dr hab. Edyta Reszka, prof. IMP
tel.: 42 631 46 27
e-mail: edyta.reszka@imp.lodz.pl
https://pl-pl.facebook.com/Lab-of-Molecular-Genetics-and-Epigenetics-750474065086105/
Zagadnienia badawcze:
Główne zadania Pracowni dotyczą badania markerów genetycznych i epigenetycznych z uwzględnieniem oddziaływań typu gen-gen, gen-środowisko lub gen-dieta do określenia ryzyka zachorowania jak i diagnostyki, prognozowania czy też leczenia chorób cywilizacyjnych. Do badania biomarkerów molekularnych wykorzystujemy łatwo dostępny materiał biologiczny (krew obwodowa, ślina, mocz itd.) oraz stosujemy nowoczesne narzędzia i techniki badawcze.
Szczegółowe zagadnienia badawcze obejmują:
- ocenę predyspozycji genetycznych do zachorowania na nowotwory w badaniach asocjacyjnych i prospektywnych,
- ocenę konstytutywnej ekspresji genów w leukocytach krwi obwodowej,
- ocenę epigenetycznej regulacji procesu niegenotoksycznej kancerogenezy z zastosowaniem jakościowej i ilościowej oceny metylacji DNA, analizy microRNA, ekspresji genów, genotypowania, analizy mutacji,
- ocenę epigenetycznej kontroli ekspresji genów, m.in. kodujących selenobiałka, związanych z metabolizmem ksenobiotyków, obroną antyoksydacyjną, czy rytmem okołodobowym, zaangażowanych w kontrolę cyklu komórkowego, apoptozę oraz naprawę DNA u osób zdrowych i osób z rakiem,
- ocenę wpływu diety i czynników środowiskowych na proces ekspresji mRNA oraz metylacji DNA.
Zespół posiada wieloletnie doświadczenie w prowadzeniu badań finansowanych m. in. przez UE, MNiSW, norweski mechanizm EOG, z których ogromna część dotyczy analizy biomarkerów genetycznych i epigenetycznych w etiologii nowotworów. Badania z wykorzystaniem specjalistycznej aparatury z zakresu biologii molekularnej prowadzone są również w ramach Europejskiego Instytutu Badań nad Rakiem Środowiskowym – EIEC, znajdującego się na Polskiej Mapie Drogowej Infrastruktury Badawczej.
Zespół współpracuje z Zakładem Toksykologii i Kancerogenezy IMP, Zakładem Monitoringu Biologicznego i Środowiska IMP, Zakładem Epidemiologii Środowiskowej IMP, I Kliniką Urologii Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego im. Wojskowej Akademii Medycznej – Centralny Szpital Weteranów w Łodzi, Kliniką Pediatrii, Onkologii, Hematologii i Diabetologii Uniwersytetu Medyczny w Łodzi, Zakładem Medycyny Translacyjnej Uniwersytetu Medycznego w Łodzi, Zakładem Medycznej Diagnostyki Laboratoryjnej Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, Katedrą Biofizyki Skażeń Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego, Uniwersytetem Modeny i Reggio-Emilia we Włoszech, Instytutem Onkologii w Mediolanie, Narodowym Instytutem Zdrowia Publicznego w Oslo.
Projekty badawcze:
2012/05/B/NZ5/01406. Ekspresja selenobiałek i genów regulowanych przez czynnik transkrypcyjny NRF2 w etiologii i przebiegu raka pęcherza moczowego.
2014/15/N/NZ5/01671. Ocena profilu metylacji regionów promotorowych i ekspresji genów zegarowych w raku piersi.
PNRF/EOG 89/2013. CLOCKSHIFT. Breast Cancer Risk and Epigenetic Effects of the Rotating Night Shift Work and Lifestyle (Ryzyko raka piersi a epigenetyczne efekty pracy zmianowej nocnej oraz stylu życia.)
2012/07/B/NZ7/04257.Wpływ zróżnicowanej ekspozycji na arsen (III) oraz kadm na aktywację szlaku Nrf2-Keap1-głównego systemu adaptacyjnego reagowania w celu ochrony przed czynnikami toksycznymi.
2013/09/B/NZ7/04092. Oddziaływanie zróżnicowanej ekspozycji na dymy spawalnicze stali nierdzewnych na ekspresję czynników transkrypcyjnych NF-kB i AP-1 i wybrane biomarkery narażenia i skutków.
2013/11/B/NZ7/04934. Wpływ zróżnicowanej ekspozycji na rtęć na parametry statusu selenowego w kontekście interakcji rtęć – selen jako potencjalnego mechanizmu detoksykacyjnego.
PBS3/B7/26/2015, ID: 246379. Test genetyczny wysokiego ryzyka raków oparty o ocenę we krwi/surowicy stężeń wybranych metali – Cd, Ni, Cr, Pb, Hg, oraz genów enzymów je metabolizujących.
Publikacje:
1. Jablonska E, Gromadzinska J, Peplonska B, Fendler W, Reszka E, Krol MB, Wieczorek E, Bukowska A, Gresner P, Galicki M, Quispe Z, Morawiec Z, Wasowicz W. Lipid peroxidation and glutathione peroxidase activity relationship in breast cancer depends on functional polymorphism of GPX1. BMC Cancer. 15:657, 2015.
2. Wieczorek E, Jablonowski Z, Tomasik B, Konecki T, Jablonska E, Gromadzinska J, Fendler W, Sosnowski M, Wasowicz W, Reszka E. MMP, VEGF and TIMP as prognostic factors in recurring bladder cancer. Clin Biochem. 48:1235-40, 2015.
3. Reszka E, Wieczorek E, Jablonska E, Janasik B, Fendler W, Wasowicz W. Association between plasma selenium level and NRF2 target genes expression in humans. J Trace Elem Med Biol. 30:102-6, 2015.
4. Janasik B, Reszka E, Stanislawska M, Wieczorek E, Fendler W, Wasowicz W. Biological monitoring and the influence of genetic polymorphism of As3MT and GSTs on distribution of urinary arsenic species in occupational exposure workers. Int Arch Occup Environ Health. 88:807-18, 2015.
5. Wieczorek E, Jablonska E, Wasowicz W, Reszka E. Matrix metalloproteinases and genetic mouse models in cancer research: a mini-review. Tumor Biol. 36:163-75, 2015.
6. Jablonska E, Vinceti M. Selenium and Human Health: Witnessing a Copernican Revolution? J Environ Sci Health C Environ Carcinog Ecotoxicol Rev. 33:328-68, 2015.
7. Wieczorek E, Galicki M, Tomasik B, Krol M, Jablonska E, Fendler W, Gromadzinska J, Morawiec Z, Wasowicz W, Reszka E. Expression of MMP and TIMP mRNA in peripheral blood leukocytes of patients with invasive ductal carcinoma of the breast. Int J Biol Markers. 31:e309-16, 2016.
8. E. Reszka, M. Przybek. Circadian genes in breast cancer. Advances in Clinical Chemistry 75:53-70, 2016.
9. Ewa Jablonska, Edyta Reszka, Jolanta Gromadzinska, Edyta Wieczorek, Magdalena B. Krol, Sara Raimondi, Katarzyna Socha, Maria H. Borawska, Wojciech Wasowicz. The Effect of Selenium Supplementation on Glucose Homeostasis and the Expression of Genes Related to Glucose Metabolism. Nutrients 8:772, 2016.
10. Jablonska E, Raimondi S, Gromadzinska J, Reszka E, Wieczorek E, Krol MB, Smok-Pieniazek A, Nocun M, Stepnik M, Socha K, Borawska MH, Wasowicz W. DNA damage and oxidative stress response to selenium yeast in the non-smoking individuals: a short-term supplementation trial with respect to GPX1 and SEPP1 polymorphism. Eur J Nutr. 55:2469-84, 2016.
11. Jurewicz J, Radwan M, Sobala W, Gromadzińska J, Jabłońska E, Radwan P, Jakubowski L, Wąsowicz W, Hanke W. Dietary Patterns and the Frequency of Disomy in Human Sperm. Urology. 93:86-91, 2016.
Aparatura specjalistyczna:
- Termocyklery klasyczne (Bio-Rad) oraz termocyklery do PCR w czasie rzeczywistym CFX96 (Bio-Rad) LightCycler®96 (Roche) służące do analizy polimorfizmu genetycznego, metylacji i ekspresji genów.
- Średnio- i wysokoprzepustowy system do PCR w czasie rzeczywistym QuantStudioTM 12K Flex (Life Technologies) służący do analizy ekspresji genów, polimorfizmu genetycznego, microRNA, analizy mutacji genowych i detekcji patogenów.
- Pirosekwenator PyroMark TMQ96 ID (Qiagen) służący do analizy metylacji, polimorfizmu genetycznego i mutacji genowych.
- Automatyczny izolator kwasów nukleinowych z płynów ustrojowych, krwi, tkanek, osocza/surowicy chemagic Prepito®-D (PekinElmer)
- JANUS® Automated Workstation (Perkin Elmer)
- System do biobankowania: sample storage and tracking system with 2D barcode single tube and rack readers (Fluidx)
- Czytnik: VICTOR™ X3 Multilabel Plate Reader (Perkin Elmer)
Stosowane techniki i metody:
- zabezpieczanie i przygotowanie tkanek (homogenizacja) do izolacji,
- izolacja kwasów nukleinowych z materiału biologicznego (tkanki ludzkie i zwierzęce, kultury komórkowe),
- elektoforeza w żelu agarozowym (standardowa i szybka),
- modyfikacja DNA z wodorosiarczynem sodu,
- PCR, RFLP-PCR, RT-PCR (synteza cDNA),
- qRT-PCR (SYBR Green, TaqMan),
- dyskryminacja alleli (SYBR Green, TaqMan, HRM)
- MSP, qMSP (SYBR Green, MethyLight),
- microRNA (TaqMan),
- pirosekwencjonowanie,
- długość telomerów (TL),
- liczba kopii mitochondrialnego DNA (mtDNAcn),
- analiza spektrofotometryczna i ELISA na płytkach titracyjnych,
- projektowanie starterów i sond hybrydyzacyjnych do badania ekspresji genów, polimorfizmu genetycznego, metylacji DNA, analiza restrykcyjna,
- analiza ekspresji genów z wykorzystaniem różnych technik obliczeniowych, m.in. metoda Livak’a, Pfafll’a.
